Er zijn twee werkingsmechanismen van fungiciden: de ene is een beschermend fungicide en de andere is een systemisch fungicide. Het beschermende fungicide komt rechtstreeks in contact met de pathogene bacteriën in vitro of op het oppervlak van de plant, waardoor de pathogene bacteriën worden gedood of geremd, waardoor deze de plant niet kunnen binnendringen, waardoor de plant tegen de ziekteverwekker wordt beschermd. Deze fungiciden worden beschermende fungiciden genoemd. Ze hebben twee functies: de eerste is om na het spuiten contact op te nemen met de ziekteverwekker en de ziekteverwekker direct te doden, dat wil zeggen "contactsterilisatie"; de andere is om het middel op het oppervlak van de plant te spuiten. In het bovenstaande, wanneer de pathogene kolonie wordt blootgesteld aan het middel op het plantenlichaam en wordt vergiftigd, wordt dit een "resterend bacteriedodend effect" genoemd.
Verschillende fungiciden werken anders. Het wordt een beschermend fungicide genoemd, dat wil zeggen een beschermend middel dat vóór de infectie van de ziekteverwekker op het oppervlak van planten wordt aangebracht; het kan de geïnfecteerde bacteriën op de toedieningsplaats elimineren en wordt een wegvangend fungicide genoemd; het kan door planten worden opgenomen. Het systeem wordt een systemisch fungicide genoemd, dat ook een systemisch fungicide is. Veel aaseters zijn ook systemisch. De meeste van hen hebben chemotherapeutische effecten. Daarom is het vaak praktisch om het bactericide eenvoudigweg in twee werkingsmechanismen te verdelen: beschermend en systemisch. Hun werkingsmechanisme kan ook grofweg in twee categorieën worden verdeeld:
1. Interfereren met het ademhalingsproces van ziekteverwekkers en remmen de productie van energie.
2. Het verstoren van de biosynthese van levende organismen zoals eiwitten, nucleïnezuren en sterolen. De meeste beschermende fungiciden zijn producten met een breed sterilisatiespectrum en een laag bacteriedodend vermogen. Systemische fungiciden hebben over het algemeen een sterker bacteriedodend vermogen en een smaller bacteriedodend spectrum, en sommige hebben een specifieke toxiciteit voor bepaalde pathogenen. Omdat het werkingspunt van het systemische agens in de bacterie relatief eenvoudig is, is de ziekteverwekker gemakkelijk resistent door mutatie van het genetische gen. Om het optreden van geneesmiddelresistentie te voorkomen of te vertragen, is het doorgaans mogelijk om een geschikt beschermend middel en een systemisch middel te selecteren dat gemengd of geroteerd moet worden, zodat een lang en kort complement verkregen kan worden om een beter controle-effect te verkrijgen. Bij het gebruik moeten verschillende toepassingsmethoden worden toegepast, zoals zaadbehandeling, bladbesproeiing en bodembehandeling, afhankelijk van de kenmerken van het voorkomen van de ziekte.