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Il existe deux modes d'action des fongicides : l'un est un fongicide protecteur et l'autre est un fongicide systémique. Le fongicide protecteur entre directement en contact avec les bactéries pathogènes in vitro ou à la surface de la plante, tuant ou inhibant les bactéries pathogènes, les rendant incapables de pénétrer dans la plante, protégeant ainsi la plante du pathogène. Ces fongicides sont appelés fongicides protecteurs. Ils ont deux fonctions : l'une consiste à contacter l'agent pathogène après la pulvérisation et à tuer directement l'agent pathogène, c'est-à-dire la « stérilisation par contact » ; l'autre consiste à pulvériser l'agent sur la surface de la plante. Dans ce qui précède, lorsque la colonie pathogène est exposée à l'agent sur le corps de la plante et est empoisonnée, cela est appelé « effet bactéricide résiduel ».
Différents fongicides fonctionnent différemment. C'est ce qu'on appelle un fongicide protecteur, c'est-à-dire un agent protecteur qui est appliqué à la surface des plantes avant l'infection par l'agent pathogène ; il peut éliminer les bactéries infectées au niveau du site d'application et est appelé fongicide récupérateur ; il peut être absorbé par les plantes et le système est appelé fongicide systémique, qui est également un fongicide systémique. De nombreux charognards sont également systémiques. La plupart d’entre eux ont des effets chimiothérapeutiques. Par conséquent, il est souvent pratique de simplement séparer le bactéricide en deux modes d’action : protecteur et systémique. Leur mécanisme d’action peut également être largement divisé en deux catégories:
1. Interférer avec le processus respiratoire des agents pathogènes et inhiber la production d'énergie.
2. Interférer avec la biosynthèse des organismes vivants tels que les protéines, les acides nucléiques et les stérols. La plupart des fongicides protecteurs sont des produits à large spectre de stérilisation et à faible pouvoir bactéricide. Les fongicides systémiques ont généralement un pouvoir bactéricide plus fort et un spectre bactéricide plus étroit, et certains d'entre eux ont une toxicité spécifique envers certains agents pathogènes. Puisque le point d’action de l’agent systémique chez la bactérie est relativement simple, l’agent pathogène est facilement résistant par mutation du gène génétique. Afin d'éviter ou de retarder l'apparition d'une résistance aux médicaments, il est généralement possible de sélectionner un agent protecteur approprié et un agent systémique à mélanger ou à alterner, de sorte qu'un complément long et court puisse être obtenu pour obtenir un meilleur effet de contrôle. Lors de l'utilisation, diverses méthodes d'application telles que le traitement des semences, la pulvérisation foliaire et le traitement du sol doivent être adoptées en fonction des caractéristiques de l'apparition de la maladie.